Az Intézet feladata az ökológia és a botanika egyes területein az alap- és alkalmazott kutatások nemzetközi szintű művelése. Ezek az alábbi feladatok köré csoportosulnak:

• Életközösségek szerveződésének és dinamikájának kutatása
• A klímaváltozás és tájhasználat-változás ökológiai hatásainak elemzése
• Konzerváció biológia és restaurációs ökológia
• A hazai természetes vegetáció állapotának és dinamikájának átfogó feltárása, összehasonlító értékelése
• Taxonómiai kutatások
• Új növényi erőforrások feltárása és hasznosítása